Program pembelajaran Kajian Islam merupakan bagian dari realisasi visi, misi dan tujuan yang telah diterapkan oleh Pesantren Al-Hamidiyah. Oleh karena itu secara umum tujuan program Kajian Islam meliputi :

1. Al-Qur'an :
   
   • Mengerahkan santri kepada kemampuan membaca Al-Qur'an sesuai dengan kaidah-kaidah bacaan.
   • Mendorong santri untuk membiasakan membaca Al-Qur'an secara baik dan benar dan menjadikannya sebagai kebutuhan.
   • Mengarahkan santri untuk menghafal surat-surat dan ayat-ayat pilihan.
2. Tauhid/ Aqidah Tauhid :
   • Menanamkan dan meningkatkan keyakinan bertauhid kepada Allah SWT, baik tauhid uluhiyyah, tauhid rububiyyah maupun tauhid ububiyyah.
   • Memberikan pengetahuan dan bimbingan kepada santri agar menghayati dan meyakini rukun iman serta menjadikannya sebagai landasan prilaku dalam kehidupan sehari-hari baik dalam hubungannya dengan Allah SWT, dengan sesama manusia maupun dengan alam sekitar.
   • Memberikan dasar utama dalam pembentukan kepribadian manusia sehingga menjadi manusia-manusia yang beriman sesuai aqidah ahlusunnah waljamaah.
3. Akhlaq :
   • Memberikan pengetahuan dan bimbingan kepada para santri agar menghayati dan meyakini akhlaq Islam sebagai landasan prilaku dalam kehidupan sehari-hari.
   • Memberikan dasar utama dalam pembentukan pribadi muslim dengan mengarahkan santri menjadi manusia yang berbudi pekerti luhur.
4. Fiqih :
   • Mendorong, membimbing, mengembangkan, dan membina santri untuk mengetahui, memahami, dan menghayati hukum Islam agar dapat diamalkan dan dijadikan pedoman dalam kehidupan sehari-hari.
   • Memberikan bekal kepada santri agar lebih mampu memahami ajaran Islam dalam aspek hukum.
5. Hadits :
   • Mendorong, membimbing dan membina kemampuan para santri dalam membaca kitab-kitab hadits serta dalam memahami arti dan pokok kandungannya sehingga dapat meningkatkan ilmu, iman dan taqwa kepada Allah SWT.
   • Melatih para santri dalam memahami menghafal dan mengamalkan hadits-hadits nabi SAW.
6. Ilmu Hadits
   Memberikan bekal ilmu kepada para santri untuk memahami hadits-hadits nabi Muhammad SAW sebagai sumber kedua ajaran Islam sesudah Al-Qur'an, serta menseleksi hadits-hadits yang sohih, dari hadits nabi yang dhaif, maudhu' dan lain-lain.
7. T a f s i r :
   • Mengarahkan santri kepada pemahaman dan penghayatan terhadap isi dan kandungan Al-Qur'an yang kemudian diharapkan dapat diamalkan dalam kehidupan sehari-hari.
   • Melatih para santri untuk memahami ayat-ayat Al-Qur'an (pilihan)
8. Ilmu Tafsir
   Memberikan bekal ilmu pengetahuan kepada santri untuk memahami ayat-ayat Al-Qur'an sebagai wahyu dan sumber utama ajaran Islam yang mencakup bahan kajian tentang pokok-pokok ilmu tafsir.
9. Ushul Fiqih
   Memberikan bekal kepada para santri agar lebih mampu memahami metodologi istimbath hukum Islam serta mempraktekkan metode istimbath tersebut untuk mengali hukum-hukum Islam tentang masalah-masalah kontemporer dari nash Al-Qur'an, Al-Sunnah, Ijma' dan fatwa sahabat.
10. Bahasa Arab :
    • Memberikan bekal kemampuan berbahasa Arab kepada para santri untuk memahami dan mengembangkan khazanah ilmu pengetahuan Islam dan ajaran Islam serta mengembangkan hubungan antar bangsa dan negara-negara Islam
    • Memberikan pengetahuan dan kemampuan berbahasa Arab baik secara pasif maupun aktif untuk memahami ajaran Islam yang asli dari sumber pokoknya.
    • Memberikan dasar-dasar bahasa Arab sebagai bekal untuk pengembangan lebih lanjut di pendidikan tinggi.
    • Pelajaran bahasa Arab meliputi keterampilan membaca, menyimak, berbicara, mengungkapkan dan menulis dalam bahasa Arab yang diajarkan secara terpadu, unsur-unsur berbahasa seperti tata bahasa kosakata, pelafalan, dan ejaan diajarkan sebagai dasar untuk menunjang kelima keterampilan tersebut.

Di dalam pelaksanaan program kajian Islam agar mencapai hasil yang maksimal sesuai dengan kurikulum kajian Islam maka silaksanakan sistem dari yang paling mudah menuju tingkatan yang paling sulit yaitu marhalah Ula, Wustho Alif, Wustho Ba', Ulya Alif, Ulya Ba', dan Ulya Jim (pengelompokan siswa berdasarkan hasil mapping) dalam jangka waktu pembelajaran 6 tahun.

Struktur Program Kajian Islam Pesantren Al-Hamidiyah

1. Al-Qur'an
   • Qira'ah
   • Tahfidz Al-Qur'an
   • Ulumul Qur'an
   • Yasin/ Tahlil
2. Hadits
   • Tahfidz :
     
     • Arbain Nawawy
     • Bulugul Maram
   • Jawahir Al Bukhory
   • Ilmu Hadits :
     • Baiquny
     • Minhatul Mughis
3. Tauhid
   • Aqidatul Awam
   • Hujjah Ahlu sunnah
   • Husnul Hamidiyah
4. Akhlaq
   • Akhlaq lil Banin/ Banat
   • Ta'lim Muta'alim
   • Ushfuriyyah
   • nashoihul Ibad
5. Fiqih
   • Safinah Al Najah
   • Taqrib
   • Fathul Qorieb
   • Fathul Mu'in
   • Al Warokot (Usul Fiqih)
6. Bahasa Arab
   • Muhadatsah
   • Mahfudzat/ Tahsin Kitabah
   • Imla'
   • Nahwu :
     • Jurumiyah
     • Imrithy
     • Alfiyah Ibnu Malik
   • Shorof :
     • Amsilah Tashrifiyah
     • Nadzam Maqsud
     • Alfiyah Ibnu Malik
   • Al Balaghoh Al Wadhihah
7. Tarikh
   • Khulasoh Nurul Yaqin
   • Madarijus Su'ud
8. Tabarrukan
   • Tafsir Jalalain
   • Riyadhus Sholihin
   • Mukhtar Al Akhadits